いろいろなものがバージョンアップした結果、服を取り出すことに関しては羅生門しないほうが簡単になったので、手順を紹介します。

メリット
はやい！かんたん！ボタン10回くらい押すだけ！
指も靴も綺麗に残る。
Humanoid形式の服になるので、このあと着せるのも失敗しづらい。

デメリット
この手順では、不要なボーンの削除が行われない。ロングヘアや小物を作成しているなどで髪のボーンが多い場合は、髪セットの左上を選んで禿の状態にしてからVRM出力するといいです

用意するもの

・取り出したい服を着たVRM

不要部分などの透明化はいりません。
また、出力設定はデフォルトのままでいいです。

・MeshDeleterWithTexture

作業手順

手順は割愛

MeshDeleterWithTextureの[Renderer]に服の[body]をセット

画面がこうなるので

①で[～～～～SKIN]という名前を選択
②、③の順に押す
①で[～～～～HAIR]という名前を選択（ない場合は無視）
②、③の順に押す

で身体が消えてこうなる

顔と髪が不要なので、削除する。まず、服を右クリックしてPrefab→UnPack

[Face]と[Hair]を選択して、右クリック→Delete
髪型によってはHairが無いので、そのときはFaceだけで

無事服だけで取り出せました。